Pues realmente es que ese grial ya estaba maldito por eso la irisvel que esta vestida de rojo quería quitarle el ideal kirtsugu estaba decidido a hacer del mundo un mejor lugar y si quedaba maldito no le importaba es cuando se da cuenta que ese grial esta maldito por lo que decide destruirlo pasa que el grial con todo el mana ya corrupto explota y destruye todo Gilgamesh queda como humano al ser bañado por eso se queda vivo la restauración en si puede tomarse que la hicieron los demás magos no me acuerdo bien que pasa para eso deberías leer su novela no juegues el juego fate nacio de juegos eróticos asi que no te explicarían mucho o tal vez si prefiero mi veces fate zero personajes adultos conspiraciones y no es el típico protagonista tonto

A ver yo lo terminé hace poco y te diré pero espero alguien te explique mejor sí aparece:

1) Cuando Saber destruye el Grial regresa a su época

2) Porqué ese fué el deseo de Kirei a diferencia de Kiritsugu,el quería destrucción

3) Porqué Saber al destruir el Grial y volver a su época es cómo si perdiera la guerra según lo qué entendí y quedó Gilgamesh,por eso se cumplió el deseo de Kirei

4) Según lo qué se ví lo restauraron de a poco pero según recuerdo sólo fué parte de la ciudad Fuyuki

ve fate/stay night, eso es lo que te sugeriría, de hecho debiste verla antes que fate/zero (precuela)

Que pasa? Spoiler:

La ciudad es destruida pero los de la organización que se dedica se encargan de hacer que la gente crea que "no paso nada" y que fue una fuga de gas o algo asi. En esa explosión mueren los padres de un niño, lo encuentra el maestro de Saber (kamiya creo se apellida) y lo adopta, olvidando la magia y dejando a un lado las batallas, se dedica a criarlo y muere. Shirou (el niño) cuando adolescente será el nuevo maestro de saber.

Pero hubo corrupción en esa organización, dejaron libre a Gilgamesh, que queda libre hasta la próxima lucha por el Grial.

No te cuento mas, pero en la siguiente historia Illiasviel (hija de Kiritsugu si no mal recuerdo) y Sakura Matou son importantes en la historia. En lo personal me gusto mucho mas fate/stay nignt que fate/zero

No se, me gusto la serie pero creo que esta un poco mal explicada. Me quede en la duda de como hace matrix version japonesa para hacer el bullet time ese que usa en todas las peleas.