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Hetero-

ἕτερος, en griego, tiene el significado de "distinto", pero también el de "otro"

http://atriumlibertatis.com/~aulos/GRIEGO/heteros....

Esta otra fuente está en inglés, pero lo que realmente interesa es que toma a "hetero" como antónimo de "auto"

http://en.wiktionary.org/wiki/auto-#Prefix

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Lo tomo como abuso del lenguaje. En griego es una palabra por si misma y puede perfectamente tener antónimo

http://lexicon.katabiblon.com/index.php?lemma=%E1%...

El diccionario de antónimos me dice "subordinado", "dependiente".

Pero auto es un prefijo que no se usa solo. Justamente por ser prefijo va unido a otra palabra.

Así que antónimo del prefijo auto no hay.

Tampoco de la palabra auto (coche)