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las diferencias son que los hongos (si es que te referís específicamente a los hongos o a los líquenes) pero si es a los hongos, pertenecen al reino fungi, están unidos a un sustrato por medio de hifas, que es la parte vegetativa, es haploide y generalmente no presenta coloración, está compuesta por filamentos. Pueden ser unicelular o pluricelulares, aunque solo las levaduras son unicelulares. Contienen pared celular formada por un componente polisacárido, mananos, glucanos y quitina. Son descomponedores. En cambio los musgos y helechos son plantas, son pluricelulares y productores. La diferencia entre ambas (musgos y helechos) es que los musgos son plantas no vasculares (carecen de vasos de conducción) y que presentan un ciclo vital con alternancia de generaciones heterofásica (una fase gametofítica y otra esporofítica). Carece de estructuras complejas como tallos, denominados talo o cauloide en las briofitas (musgos) hojas llamadas filidios y raíces llamadas rizoides. Los helechos son pteridofitas, que poseen vasos de conducción y estructuras desarrolladas y mas complejas que las briofitas. Son plantas vasculares sin semillas.

Hola espero que esto te ayude en algo. Mucha Suerte!!!!!!!