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Roci: para una muestra puedes utilizar como diluyente una solución salina peptonada, o como dices una solución acuosa de peptona al 0,1%, eso para que no tengan una diferencia de presión osmótica las bacterias,al diluir una muestra muy contaminada como un efluente o agua de un río muy contaminado. Pero a veces puedes llegar a utilizar agua destilada estéril si no tienes a mano agua peptonada si la muestra lo permite, como cuando preparas una muestra de leche en polvo para su siembra.

Depende a que te refieras con "contaminada". Si la contaminación es a alguna bacteria u hongo indeseable para le cultivo, lo ideal es colocarle algún antibiótico que no afecte al sistema elegido.

Para realizar la prueba de indol hay que cultivar el cultivo durante 24-48hs en caldo de triptona con 0,5% de NaCl, ya que la triptona contiene mucho triptofano.