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el simple hecho de como haces la pregunta es indicativo de no saber siquiera que quieres preguntar, pues es obvio que esta mal formulada,

ni todos los archivos de linux son binarios, y al mismo tiempo todos lo son! pues son representados (en el circuito) obviamente de dicha manera!

explicartelo seria muy complejo, pues requiere que leas mas de computacion y electronica, asi que aprovecho para explicarlo al mundo que tenga un poco de mas info:

un archivo binario es una susecion de codificacion de bycode (ceros y unos compilados para interpretacion), en lenguaje compilado entendible por el core de la aruitectura a traves del OS (sistema operativo ok)..

por lo tanto hay varios tipos de binarios en linux, y son los mismo que cualquier OS, (a diferencia de guindo, donde solo los ejecutables y algunos dlls son binarios y el explorador reporta mas, pero es falso)

los binarios NO SON DISTINTOS en ningun OS (algunas exepciones en guindo claro!), simplemente son compilados distintos, pero su naturaleza es la misma, pues LA PALABRA LO INDICA!!

se clasifican por pategoria y por tipo de uso, es mejor explicarte por tipo de uso:

librerias, compilados que tienen extension .so, y contienen funcionalidades comunes para acceso a rutinas y secuencias especiales...

ejecutables: contienen codigo compilado para ordenar al os un comportamiento especifico (ejecutar ordenes desde simples hasta pintar un objeto ventana y manipularlo con otros binarios, osea un programa), en UNIX-linux no tienen extension.

Como identificarlos, muchos dicen que son de color verde, mentira.. cualquiera ejecutalbe es color verde, asi que solo es identificable si su nombre indica que es ejecutable, ejemplo: tar, tail, sh, son binarios ejecutables, pero bash, network-manager no son binarios, pero si ejecutables...

almacenage: son archivos de datos, solo contienen informacion para ser interpretada por visores o lectores, la mayoria tienen agregado unaparte llamada codificacion md5 unica en los sistemas UNIX-Linux (guindo carece de algo tan avanzado)..

mas info http://qgqlochekone.bogspot.com/

Pues las computadoras en general son digitales (trabajan con sistema binario) así que los archivos de Linux, Windows, Mac, UNIX, etc son binarios.

¿O esa no era tu pregunta?