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Diferencias... bueno, se trata de cosas diferentes en su génesis. Fortran nace como un lenguaje de programación y Matlab como un ambiente de trabajo para resolver cálculos matemáticos.

Si bien Fortran está pensado para resolver cálculos numéricos, es en esencia un lenguaje de programación con el que se puede resolver, con mayor o menor dificultad, cualquier algoritmo que se quiera implementar, mientras que Matlab está pensado para entrar de lleno a la resolución de un calculo.

En otras palabras: el mismo problema encarado con Fortran te obliga a comenzar a escribir un algoritmo para resolver dicho problema, mientras que Matlab ya tiene mucho código escrito para al enfrentarse a casos conocidos sólo tengas que unir módulos, pasar los parámetros correctos y obtener el resultado con el beneficio de, además, tener otros tantos módulos para presentarlos (los resultados) en variadas y atractivas formas (en Fortran también tendrías que escribir los módulos de presentación o conseguir librerías de alguien que ya los aya escrito).

Otra forma de describir la diferencia sería comparando al Fortran con el Pascal y al Matlab con el Mathematica de Stephen Wolfram.

Otra forma sería comparar un lenguaje elemental de programación como podría ser el Basic y una planilla de cálculo. Todo lo que haces en una planilla de cálculo puedes resolverlo escribiendo un programa en Basic, pero en la planilla de cálculo ya tienes todo listo para que resulte fácil y además, atractivo.

In ingeniero de software te diría que se trata de distintas generaciones de lenguajes de programación. El Fortran es un lenguaje de tercer generación, mientras que el Matlab es de cuarta generación, un lenguaje pensado y diseñado con un propósito específico en mente.

Espero haber aclarado tus dudas.