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tienes que ejecutar ALTER TABLE y el comando RESTART

pero debe estar vacia la tabla..

Pues en realidad lo mejor es que se quede como está, pues los ID deben ser únicos y no nulos, y si cada vez que se borre un registro vas a modificar el ID de todos los que le siguen, vas a perder tiempo y posiblemente se generen errores de consistencia.

Compara con un numero de factura, si la cancelas, no se acomodan todas, cierto?

si tienes tu base de datos entidad relacion, y eliminas un registro pero hay otros registros que dependen de esa llave tambien se eliminan, igual si lo modificas la llave se va a modificar en las demas llaves foraneas: Ejemplo mas claro

si el ID de Aguascalientes es 1 y el de Chihuahua es el 2 y el de Durango es 3, y capturaste un empleado donde su estado es Chihuahua o 2, y despues modificas Chihuahua o Eliminas Chihuahua, si quieres que se acomoden todas, de manera secuencial, vas a tener una inconsistencia por que se va a recorrer o sea El empleado ya va a tener 3, cuando originalmente es 2, espero no haberte confundido, pero el comportamiento que esta haciendo la base es normal, asi dejalo