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O format factory faz isto que tu esta querendo. Junta qualquer tipo de vídeo ao mesmo tempo e exporta no formato que você quizer. Ele é em português, gratuito, facílimo de utilizar e super eficiente sem contar que é bonito. Garanto que irá gostar.

Segue o link para você fazer o download.

http://download2.videohelp.com/download/FFSetup270...

Não esqueça de mandar os pontos e as estrelas pela melhor resposta heim!

Pode usar o Windows Movie Maker mesmo, se quiser algo melhor SonyVegas

Editores de vídeo:

Adobe Premiere

Adobe After Efects

Sony Vegas

Etc...