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Un JFrame Form es una plantilla por decirlo de alguna manera esta sirve como una ayuda para los programadores novatos, este tipo de formulario es muy útil cuando tienes pocos conocimientos de programación de interfaces graficas ya que posee la opción de vista diseño, en la que puedes diseñar valga la redundancia la interfaz que necesites solo con arrastrar los elementos necesarios al Frame, con esto ahorras tiempo y sobre todo escribir código ya que solo tienes que programar las acciones que realizara cada elemento que hayas colocado.

Jframe Form

Creo que estás muy verde en java.

Jpanel es un contenedor de Jframes, que son los formularios donde se ponen los botones y demás elementos de los programas.

Te recomiendo empezar con algo mas sencillo para ir adentrándose en java. Deja los grandes editores para cuando realmente los necesites y aprende desde lo básico con programas muy sencillos o con un simple editor de textos.

Primero empapate bien de la POO y luego crea muchos programas tontos para consola. Lo último que tienes que aprender es la parte gráfica de java.