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Fuera del gran sistema montañoso de los Andes, existen en Colombia otros núcleos montañosos independientes como la serranía de Baudó, el Darién, la sierra nevada de Santa Marta, las serranías de Jarara y Macuira y la sierra de la Macarena. Serranía del Baudó, Está localizada en el departamento de Chocó, emerge en los alrededores del río San Juan para seguir paralelamente la costa del Pacifico hasta unirse con la serranía del Darién. Debido a sus conexiones relativamente notorias con la cordillera Occidental y la del Darién, se le ha considerado como un puente tendido por la naturaleza por donde los Andes pasan a América Central.

Son pocas las alturas de consideración que presenta la serranía del Baudó.== Serranía del Darién

Serranía que sirve de límite entre las repúblicas de Colombia y Panamá, en el sector noroccidental del departamento del Chocó. En su origen, a orillas del océano Pacifico, presenta una altura aproximada de 500 m sobre el nivel del mar, la cual aumenta en dirección noreste. == Montes de Maria ó Serranía de San Jacinto:

Los Montes de María o Serranía de San Jacinto ubicados en la región caribe de Colombia son una prolongación de la cordillera occidental. Sobre ellos se encuentran asentados los municipios de San Jacinto, el Carmen de Bolívar, Maríalabaja, San Juan de Nepomuceno y Zambrano en el departamento de Bolívar; así como los municipios de Ovejas, Chalán, Coloso y Palmitos en el departamento de Sucre.== Sierra Nevada de Santa Marta

Se localiza entre los departamentos de Magdalena, La Guajira y Cesar; tiene la apariencia de una pirámide de base triangular, abarcando una superficie de 17.000 km2. El flanco norte bordea el Mar Caribe desde las tierras planas y áridas del sur de la península de La Guajira hasta los alrededores de la ciudad de Santa Marta, en la desembocadura del río Manzanares.== Serranía de la Macarena

La serranía de la Macarena se sitúa en el departamento del Meta, al sureste de la cordillera oriental. Cuenta con un área de 125Km de largo y 5 Km de ancho, presentando alturas inferiores a los 2.000 metros. Es particularmente interesante por ser uno de los macizos más antiguos del mundo, siendo considerada como reserva nacional, debido a la existencia, en ella, de una flora y una fauna exclusivas en el país.== Serranía de la Macuira

Es un oasis de bosques de montaña que se levanta sobre las tierras bajas del cinturón árido precaribeño en la Alta Guajira. == Serranía del Perijá

\La Serranía del Perijá es el ramal más septentrional de la Cordillera de los Andes. También se conoce, principalmente en su zona sur, como Serranía de los Motilones, e incluye otros sistemas montañosos como la serranía de Valledupar y los montes de Oca.