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Primero te transcribo el poema completo, y al final de doy la interpretación:

ÉSTE QUE VES, ENGAÑO COLORIDO

Éste que ves, engaño colorido,

que, del arte ostentando los primores,

con falsos silogismos de colores

es cauteloso engaño del sentido;

éste, en quien la lisonja ha pretendido

excusar de los años los horrores,

y venciendo del tiempo los rigores

triunfar de la vejez y del olvido,

es un vano artificio del cuidado,

es una flor al viento delicada,

es un resguardo inútil para el hado:

es una necia diligencia errada,

es un afán caduco y, bien mirado,

es cadáver, es polvo, es sombra, es nada.

Sor Juana Inés de la Cruz

Sor Juana se caracterizó por utilizar mucho la metáfora (se usa un término en su real sentido y otro en sentido figurado). Si te fijas, pues no puede haber engaños de colores y mucho menos que el color sea intenso (colorido), es una forma literaria de dar énfasis a algo, por ejemplo, en lugar de decir “tus labios rojos”, para dar énfasis metafórico puedes decir “tus labios de rubí”.

En general, todo el poema pretende transmitirte que no siempre te fíes de lo que perciben tus sentidos, que la realidad puede ser otra, pero disfrazada. Utilizando todo el poema, podríamos decir que quiere decir lo siguiente:

Este súper engaño, que con habilidad se engrandece bellamente, con razones falsas relucientes, realmente es un discreto engaño de los sentidos. Con halagos se pretende ocultar o hacer a un lado o hacer que se olvide, lo que el tiempo ha provocado (como lo es la vejez), y también insiste en que con trucos del lenguaje (“es una flor al viento delicada”) se pretende esconder inútilmente a lo que se está destinado (“es un resguardo inútil para el hado”), que es una tonta actividad equivocada, es un esfuerzo que no sirve, que porque si se presta atención, todo llega a ser despojo, polvo, nada.

Si quieres saber qué significa cada palabra te sugiero que las busques en la siguiente link: http://buscon.rae.es/draeI/

A mi me parece enfocándolo a lo religioso, ya que ella era una mujer religiosa, que lo que nos dice que no te dejes engañar por los engañosos y falsos atractivos del mundo ya que todo es vanidad y al fin y al cabo al final todo se convierte en polvo Cito: "bien mirado, es cadáver, es polvo, es sombra, es nada"

1 Juan 2:15-16Reina-Valera 1960 (RVR1960)

15 No améis al mundo, ni las cosas que están en el mundo. Si alguno ama al mundo, el amor del Padre no está en él.

16 Porque todo lo que hay en el mundo, los deseos de la carne, los deseos de los ojos, y la vanagloria de la vida, no proviene del Padre, sino del mundo.

El poema lo hizo dirigiendose al retrato de ella hecho por Miguel Cabrera ya que este no la dibujo como realmente ella y por la misma razon no le gusto para nada

Parece que se refiere al rostro de una mujer, que está muy maquillado. De ahí lo del "engañado colorido", una cara que engaña su verdadero ser por medio del maquillaje.

Los poemas sobre el engaño de la belleza femenina son tópicos del barroco español, me recuerda por ejemplo al soneto de Argensola

http://poesiadelmomento.com/sonetos/26.html