"Los fantasmas de Goya" transcurre en España, entre los años 1792 y 1809. Cuenta la historia de un grupo de personas que conviven en una época de convulsión política y cambios históricos. La historia es narrada a través de los ojos del gran artista Francisco Goya (Stellan Skarsgård), uno de los grandes pintores universales que ha tenido España. La trama se desarrolla durante los últimos años de la inquisición española, continúa con la invasión del ejército de Napoleón a España y finaliza con la derrota de los franceses y la restauración de la monarquía española, lograda por el poderoso ejército de Wellington, Gran Bretaña. El hermano Lorenzo (Javier Bardem), un enigmático y astuto miembro de la inquisición, se involucra con la joven musa de Goya, Inés (Natalie Portman), cuando es injustamente acusada de herejía y enviada a prisión, en la que pasará más de 15 años de su vida. Al salir de la prisión las cosas han cambiado considerablemente, los franceses han invadido España, su familia ha sido asesinada, y el pintor español se ha quedado absolutamente sordo...