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Es fácil, es por orden de emisión. No aplica el orden de cronológico porque los animes van saliendo según va avanzado el juego de cartas porque cada cierto tiempo salen nuevos tipos de cartas y con los animes les hacen publicidad y explican la forma de jugar.

Yu-Gi-Oh!

Yu-Gi-Oh! GX

Yu-Gi-Oh! 5D's

Yu-Gi-Oh! Zexal

Yu-Gi-Oh! Zexal Second

Yu-Gi-Oh! Arc-V

Yu-Gi-Oh! VRAINS

Después del Yu-Gi-Oh! original (Con Yugi, Kaiba y Joey/Jonouchi) su continuación inmediata es GX el cual si guarda relación con su versión anterior, pero son solo pequeños cameos y menciones, con el avanzar de las distintas series eso se va perdiendo, porque si bien las series comparten un "universo" y el juego de cartas en si, no tienen relación alguna los personajes.

Por ejemplo Yu-Gi-Oh! 5D's que fue la tercera serie fue estrenada en 2008 pero se sitúa 1000 años en el futuro, por lo que cronológicamente sería la última, pero no debes dejarla para el último porque en esos años estrenaron las cartas de Sincronía las cuales son mas antiguas que las cartas de Enlace de Yu-Gi-Oh! VRAINS la última serie que se emitió.

Y como opinión personal te puedo decir que esos animes son solo para para los que gustan de Yu-Gi-Oh! como juego de cartas, ya que las series son muy repetitivas y largas.

gx luego cualquiera de todas las otras por q son no canonicas

Primero ves el episodio 1 y luego el 2, luego el 3 y así te sigues hasta terminar