Provavelmente seu pendrive é falsificado.

Muitos pendrives falsificados vêm marcados com uma capacidade de, digamos, 16GB, mas o chip de memória dentro dele tem apenas, digamos, 4GB. O pendrive funciona normalmente, até você ultrapassar a capacidade de 4GB - quando isso acontece, os dados começam a ser escritos no início do chip de memória, onde tem o setor de boot e a tabela de alocação de arquivos do seu pendrive - o resultado é que eles são destruídos pelos dados gravados por cima deles, e o pendrive para de funcionar.

O jeito é jogar o pendrive fora e comprar um novo, em loja física, lacrado na embalagem, com nota fiscal e garantia. E já teste-o logo quando chegar em casa, encha-o de arquivos e veja se ele continua funcionando.

Se menos de três meses pode trocar por outro.

Isso é um vírus, passe o antivírus no Pen Drive e depois tente formatar, se não der certo reinicie o computador no modo de segurança, depois disto tente formatar, se mesmo assim não der certo reinicie novamente o computador e entre na BIOS, lá você acessará a opção de boot e deixará o Pen Drive como única opção, depois abra o leitor de CD e coloque o CD de instalação do Windows, feche e salve as modificações feitas na BIOS, feito isto o computador dará boot no CD de instalação do Windows, selecione a partição do Pen Drive ( 16 GB mais ou menos ) e siga o passo a passo para formatação, quando a formatação estiver concluída o computador irá reiniciar, quando isto acontecer você deverá abrir o leitor de CD e tira o CD do Windows, aperte as teclas Control, Alt e Del ( tudo junto ), ao fazer isto o computador irá reiniciar novamente, quando isto acontecer aperte a tecla Del para entrar na BIOS, vá até a parte de configuração de boot e selecione a opção primária para o HD e secundária para o leitor de CD/DVD e desabilite a opção de boot em Pen Drive, depois salve as alterações e pronto, é só acessar o sistema operacional e depois acessar o Pen Drive que já estará formatado e pronto para uso =)

Viu como é simples ^-^'