Como primera medida deberías tratar con chkdsk que es una muy buena herramienta de Windows que viene con los SO de Microsoft desde D.O.S. 3.3

Para utilizarlo en Windows XP deberás abrir una ventana de DOS y escribir en la línea de comandos lo siguiente: CHKDSK F: /f /r una vez que hayas conectado el disco roto y el sistema te lo haya reconocido, Para Windows 7 el tema sería así conectás el disco roto y cuando lo reconoce abrís el explorador de Windows, vas a Mi PC y te parás sobre el disco externo roto, apretás la tecla shift y hacés click al mismo tiempo con el botón derecho del ratón, de la ventana que se abre elegís "Abrir ventana de comandos aquí" y allí escribís CHKDSK /f /r sin poner la letra de unidad porque ya estás en F:

Con eso se debería arreglar, pero como en Windows todo puede fallar, vas a tener que pensar en instalar un programa como el Tune Up Utilities, o Norton Utilities que son unas herramientas fantásticas, en castellano y completamente interactivas y con muy buenas ayudas o bajarte de internet el Hiren´s versión 14 este es un DVD de recuperación con multitud de herramientas profesionales de rescate de discos, como nunca se sabe cual es la mejor para cada ocasión vas a tener que probar por el método de ensayo y error, con el Hirens se trabaja de la siguiente manera, conectás el disco roto, y arrancas con el Hiren´s puesto en la lectora va a arrancar directamente en una sesión DOS que te va a dar muchas opciones tenés que ir a herramientas de recuperación de allí a recuperación de Disco duro y allí elegís una a una las opciones ya que son varias, el problema con que te vas a encontrar es que hay muchas opciones, y quizás sea un poco difícil de usar aparte está en inglés, desgraciadamente esto es lo mejor que hay pero por eso mismo muy difícil.

Programa:

Partition Wizard Home Edition, con la opción de recuperar partición.

o

Hiren´s Boot