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La principal diferencia radica en su forma, ya que cada una puede ir contenida en cajas de diferentes tamaños.

Como aquí se hace largo y complicado de explicar, te dejo un enlace para que veas las diferencias y el propósito de cada una de éllas:

http://es.kioskea.net/contents/pc/carte-mere.php3

Son los tamaños de las motherboard (Placa Madre). Así igual puedes encontrar gabinetes para cada tipo de Placa base. Saludos