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No depende del color, sino de que estén hechas. La blanca por lo general es de base siliconada, la cual con el calor y el tiempo se descompone mas rápido. La Gris, por lo general tienen otros compuestos (como la Arctic Silver 5, con plata que es una de las mejores pastas térmicas del mercado), que por lo general son muy superiores en términos de duración y conducción de calor (cuando se aplican correctamente). Para saber si son buenas, tenes que buscarla marca y modelo de la pasta y ver si hay reviews en internet.

Aunque en teoria, la función debería ser exáctamente la misma, si hay diferencia ya que se trata de compuestos diferentes.

La pasta térmica blanca tiene una base de silicona y realiza una buena función de ajuste entre disipador y dispositivo (cpu ó gpu) pero la de color gris lleva componentes metálicos (plata) y está demostrado que absorve más temperatura que la blanca.

Esto realizado con medidores muy precisos pero a nivel de funcionamiento a nivel doméstico, dá igual usar una que otra. Lo importánte es no echar demasiada, que es el error más común.

la blanca salu2

Es la misma, solamente que la usamos para utilizarala en diferentes lados, pero la mejor es la blanca porque es mas pura, la GRIS es posiblemente Reutilizada, (Que ya esta quemada), mira ponle al procesador de una PC pasta termica blanca, y fijate en una semana de uso, y se puso GRIS. Espero y alla resuelto tu duda saludos!