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Hola, si entendí bien quieres que los hipervínculos que tienes en un TOC (Table of Contents) se mantengan en el archivo .pdf luego de convertido.

Bueno, transcribo esto:

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Ver la configuración de conversión de PDFMaker

La configuración de conversión de PDFMaker varía en función de los tipos de archivo. Por ejemplo, las opciones disponibles para un archivo de PowerPoint no son las mismas que las disponibles para archivos de Outlook. Una vez seleccionada la configuración de conversión, las selecciones se aplicarán a todos los PDF posteriores creados mediante la conversión de ese tipo de archivo. Dado que los objetivos marcados para crear PDF pueden cambiar, es buena idea revisar la configuración de vez en cuando.

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Configuración de la ficha de Word (Microsoft Word)

Convertir comentarios mostrados en notas en el Adobe PDF Convierte cualquier entrada de comentario de Word en comentarios de PDF. Si el documento de Word actualmente abierto contiene comentarios, aparecerán más opciones en la lista Comentarios en esta ficha:

Revisor Muestra los nombres de los revisores que han insertado comentarios en el documento de Word actual.

Incluir Cuando esta opción no está seleccionada, no se incluyen los comentarios del revisor en el PDF.

Notas abiertas Especifica si las ventanas de comentarios de PDF se abren automáticamente o permanecen cerradas para los comentarios del revisor.

Color Muestra el color de los iconos de comentarios del revisor. Al hacer clic en el icono de color repetidamente se recorrerá cíclicamente un conjunto limitado de colores disponibles.

Convertir referencias cruzadas y tabla de contenido en vínculos Habilita la navegación con un clic de estos elementos en el nuevo PDF.

Convertir vínculos de notas al pie y notas al final Los integra en el PDF.

Habilitar etiquetado avanzado Lo integra en el PDF.

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Luego de esas lecturas hice una prueba usando Word Professional Edition 2003 y Adobe Acrobat 8.0 Professional y me parece que la cosa es sencilla, si es que tienes los mismos productos, si no, no pierdes nada con intentarlo.

Pasos:

1. Entrar al documento en Word y pulsar la pestaña Adobe PDF que debe estar incrustada en Word luego de instalado el Acrobat.

2. Elegir la opción Cambiar configuración de conversión.

3. Te sale una ventana con 4 pestañas, por defecto aparece la pestaña Configuración

4. Activa en la parte inferior de esa pantalla la opción Agregar vínculos al archivo Adobe PDF

5. Aceptar

De vuelta a tu documento conviértelo a PDF y ya debería haber arrastrado todos los hipervínculos, no solo los del índice, si no los de todo el documento.

Saludos desde Lima,