La complejidad en la identificación de las especies de Helianthus ha contribuido a crear un problema delicado de resolver, lo que explica los continuos cambios en su taxonomía desde Linneo hasta nuestros días. Las dificultades son debidas a una combinación de factores: plasticidad ecológica y de desarrollo, la frecuencia de hibridación inter-específica, y la existencia de poliploidia.

Helianthus ha sido subdividido en tan solo 10 especies por algunos autores hasta más de 350 por otros. Linneo en 1753 originalmente describió 9 especies en el género. Asa Gray en 1889 reconoció 42 especies en América del Norte. A principios del siglo XX, E. Watson aceptó 108 especies, 15 de ellas de América del Sur.11 Charles Heiser y colaboradores, en 1969, reconocieron 14 especies anuales y 36 perennes de América del Norte, las cuales fueron divididas en tres secciones y 7 series, como así también 17 especies de América del Sur. Subsecuentemente, Harold Robinson en 1979 transfirió a todos los Helianthus perennes sudamericanos al género Helianthopsis. La clasificación taxonómica propuesta por A. Anashchenko en 1979 constituyó una modificación radical con respecto a todos los tratamientos previos del género. De hecho, este botánico ruso reconoció solo una especie anual, Helianthus annuus, y 9 especies perennes con 13 subespecies. E. E. Schilling y Charles Heiser en 1981 propusieron una clasificación infragenérica de Helianthus basada en pocedimientos cladísticos, fenéticos y biosistemáticos que dio como resultado la aceptación de 49 especies dispuestas en 4 secciones y 6 series. Con algunas modificaciones ulteriores (reconocimiento de 51 especies) condensadas en el tratamiento publicado por Gerald Seiler y Loren H. Rieseberg en 1997, esa es - grosso modo - la clasificación internacionalmente aceptada hoy para Helianthus con 60 taxones específicos y 18 infra-específicos.

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