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Bien sabrás que el sufijo "kun" es comúnmente usado para hombres jóvenes, y por eso te parece inusual que lo usen para mujeres ¿correcto? Sucede que el sufijo "kun" también se puede usar en oficinas de trabajo tanto para hombres, como para mujeres de menor rango. Esto lo aprendí en las lecciones de japonés en audio de la cadena NHK.

Kun y chan pueden usarse tanto para hombres como para mujeres, solo que chan suele usarse más para mujeres y niños; kun para personas más cercanas a tu edad y se suele usar más para hombres, pero no es necesario. Sin embargo, en el anime el uso de kun puede significar algo en la relación de las dos personas, tal vez quien lo usó la ve como un compañero o un igual, cosa que podría no ser igual con chan o san.

hasta donde entiendo

-kun: con respeto, como si saludaras a una persona adulta que conoces

-san: con respeto y algo de cariño, un amigo

-chan: con mas cariño, un buen amigo o un novio o novia...

#el significados : de san /kun / chan /senpai /sama y sensei *-san ( -さん ): se añade dy después del nombre de las personas es un sufijo de cortesía y respeto.(se utliza tanto para personas de la misma edad como para personas mayores que tu).